巴旦杏的生长结果习性和桃树相似，但修剪却不一样。巴旦杏树的修剪是以疏剪为主，适当进行短截，要较多的保留中、短果枝，不能像桃树那样过重短截。
巴旦杏产量的高低，受许多因素的影响，但修剪的作用很大。在一般情况下，幼树和初果期的树，树体长势旺盛，发展空间也大，在保持树体牢固结构和良好的通风透光条件下，适当疏除过密枝，适量短截，促生新梢，继续扩大树冠，轻剪多留花芽，用多结果的办法，控制过旺的营养生长;用先短截后疏剪的办法，培养结果枝组，保持较多的结果部位和健壮的树体长势，使树冠上下和内外都能结果;其留枝密度是上部宜稀，下部稍密，保持树冠内部的良好通风透光条件，枝干也不遭受日烧。
巴旦杏进入盛果期后，短果枝增多，产量也高，可用回缩修剪的办法，即回缩到2~3年生枝段处，用轮换更新的办法，延长盛果年限。新梢年生长量，以保持30~40厘米为宜，不宜过长。生长量过大时，可缓放枝条而不进行修剪，促生分枝，抑制旺长，待树体长势稳定后，再行修剪，使树冠内的枝条不致紊乱;但如长势过弱，短果枝抽生过多或枝条生长细弱时，可适当疏除部分细弱枝，同时加强地下的肥水管理，促进树势复壮。
对衰老树采取重回缩修剪的办法，迫使潜伏芽抽生新梢，利用徒长枝更新大枝、树冠，利用结果枝夏季修剪，培养结果枝组。
对多年未进行修剪的、放任生长的巴旦杏树，可先疏除部分过密大枝，再适当调节结果枝，使其合理分布，保持树冠内的良好通风透光条件。但一次疏枝不宜过多，修剪量也不宜过重，以免影响产量。
