在使用南瓜嫁接之前，黄瓜枯萎病、黄萎病等经常发生，黄瓜死棵非常严重。为了解决黄瓜死棵问题，棚室黄瓜采用了嫁接技术，嫁接砧木为黑子南瓜和白子南瓜。但经过几年的发展，嫁接黄瓜死棵的问题也逐渐增多，根部病害种类也发生了一些变化。
一、疫霉根腐病
疫霉根腐病由卵菌引起，近年来经常发生。发病时，黄瓜顶部茎叶萎蔫，进而全株萎蔫;拔出病株可见细根腐烂，粗根褐变;剖开病根茎，可见从根茎部向上有一段维管束发生褐变。茎基部发病初出现水浸状斑，后缢缩。发病时可用72%霜脲锰锌(克露)600倍液、72.2%霜霉威(普力克)600倍液、58%甲霜灵锰锌600倍液、69%安克锰锌600倍液等灌根或全面喷洒(包括地面)，效果较好。
二、细菌性病害
细菌性病害如软腐病、青枯病等也可以引起黄瓜死棵。
软腐病产生软腐症状，并有腥臭味。嫁接黄瓜青枯病发病较快，一般发病后黄瓜植株中午萎蔫得厉害，早晨、傍晚可以恢复，呈缺水状。反复几天后，植株死亡，叶片青干且不易脱落。根茎外表症状不明显，但病茎维管束变为褐色。横切病茎、根，可发现白色菌脓。
细菌性病害可用47%加瑞农600倍液、50%琥胶肥酸铜(DT)500倍液、14%络氨铜300倍液等铜制剂混加链霉素等配合灌根防治。
三、腐皮镰孢根腐病和拟茎点霉根腐病
腐皮镰孢根腐病主要危害部位是黄瓜的根和根茎 (地表以下的茎)。病部初呈水浸状，后变浅褐色至深褐色腐烂。病部缢缩不明显或稍缢缩，病部腐烂处的维管束变褐，皮层腐烂变厚，但不向上部发展，有别于枯萎病。
拟茎点霉根腐病在黑子南瓜上易发生，白子南瓜则抗此病。发病初期砧木细根变褐腐烂，主根变浅褐色至褐色，严重时根部全部变成浅褐色至褐色，然后细根基部发生不规则纵裂，在纵裂中间产生灰白色的黑带状菌丝，根皮可见密生的小黑点。
防治该类病害可用35%福·甲 (立枯净)900倍液、60%氟吗啉·锰锌800倍液等灌根。
四、生理性病害
生理性病害包括盐害、水害、肥害等造成的伤根也可导致黄瓜死棵。长时间的阴雨天气等会加重生理性病害的发生。生理性病害要靠平时预防。发生时用强力生根剂1000倍液配合爱多收6000倍液加快根系恢复。
近年来高发的病害。植株一旦表现出外部症状，多已“病入膏肓”，很难恢复，最好将其拔除并清理干净。发病后，关注的重点应该是那些离发病植株较近但尚未表现出发病症状的植株，通过灌根防止病害蔓延。
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