作用机理黄连素抗心律失常作用的机理尚未完全明确。近年来研究发现，小剂量黄连素能增加乙酰胆碱的作用，而乙酰胆碱则可增高膜的钾电导。动物实验发现黄连素小剂量可兴奋心脏，剂量则抑制心脏，并有抗心律失常作用。动物细胞电生理学实验证明，黄连素可使豚鼠心室肌动电位时程增宽(以2相为主)，有效不应期延长。黄连素可分别延长心房、心室ERP(有效不应期)和功能不应期，而对心房、心室相对不应期无影响，延长心肌APD(动作电位时程)及ERP，增加ERP/APD比值，有利于打断折返环并使之不易形成，这可能是黄连素抗心律失常的主要机制。其细胞水平的作用机制，可能与促进钙离子(Ca2+)跨膜内流有关。实验证明，黄连素能增加小鼠心肌内Ca2+的浓度，并且随着黄连素剂量的增大，总Ca2+浓度增加的幅度也有增大倾向。此外，近来研究还发现黄连素可有效地拮抗血小板和血管平滑肌的α受体，对α受体的抑制作用有助于室性心律失常的控制。

给药方法及安全性黄连素用于抗心律失常时的剂量稍高于用作抗菌药物时的剂量，需每次0.4~0.6克，6~8小时给药1次。黄连素可口服给药、安全、简便、毒副作用小、可较长期服用，这些优点是其它抗心律失常药物所无法比拟的。黄连素静注或静滴可出现血管扩张、血压下降、心脏抑制等不良反应，严重时发生阿斯氏综合征，可致死亡;静注还可引起肾功能损害，甚至引起尿毒症;肌注达不到有效浓度。这就限制了黄连素在紧急心律失常情况下的使用。

黄连素治疗过程中，有少患者出现胃肠道症状，包括上腹部不适、便秘、腹泻等，但症状轻微，不影响生活和治疗，服药后血常规、尿常规和肝功能均无异常改变，虽然部分病人的窦性心率有轻度减慢，但治疗后平均心率经统计学检验并无显著变化。这提示对于成人，黄连素每日1.2~2.0克的剂量对窦性冲动形成和释放无明显影响，对各传导系统的传导亦未见不良影响。

在与用其他抗心律失常药物如慢心律、乙胺碘呋酮、心律平、利卡因和心得安治疗的患者作对照的观察中发现，黄连素治疗组2000例患者中，有84例发生恶心、胃部灼痛、腹泻等胃肠道症状，未发生其他心律失常的不良反应，不良反应发生率为4.2%。而用慢心律、乙胺碘呋酮、心律平、利多卡因和心得安等药物治疗的2000例病人中，发生胃肠道反应的164例，发生心动过缓、传导阻滞等其他心律失常的不良反应44例，发生头昏、头痛、咳嗽等不良反应40例，共有256例发生不良反应，发生率为12.8%。两者比较有明显差异(P<0.001)。因此可以说，黄连素服用方便，无明显副作用，不失为临床治疗心律失常可选择的药物之一。