早期使作适当抗生素可减轻症状，缩短病程。本病有自限性，多数病例不经治疗可自愈。大环内酯类抗生素，如红霉素，仍是肺炎支原体感染的首选药物，成人每日剂量2g，分次服用。罗红霉素(0.3/d，分2次服)、阿奇霉素(0.5/d，每日1次)的效果亦佳，且不良反应少。
喹诺酮类如左氧氟沙星、加替沙星和莫昔沙星等，四环素类也用于肺炎支原体肺炎的治疗。疗程一般2-3周。因肺炎支原体无细胞壁，青霉素或头孢菌素类等抗生素无效。对剧烈呛咳者，应适当给予镇咳药。若继发细菌感染，可根据痰病原学检查结果，选用针对性抗生素治疗。
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