和引起咳嗽或鼻涕的原因一样，慢性口臭或口腔异味也是由细菌引起的。普通人口腔中约有800种细菌[来源：Harazthy et al]。如果您将舌头表面的一个细胞放大，将会看见多达100种的细菌粘附在上面[来源：Yaegaki and Coil]。
人的口腔就像一座细菌工厂。它是微生物居住和觅食的理想场所。口中的环境类似于桑拿浴房。就像温暖、潮湿的房间能促使我们大量流汗一样，口腔中粘稠的环境能加速细菌的繁殖。然而，仅靠细菌并不足以使我们的口腔产生异味。是我们吃下的食物和口中细菌之间的相互作用，所引起的一系列反应，最终导致了口臭问题。
一些细菌将食物残渣里的蛋白质、死细胞和黏液分解成氨基酸，这是口臭的第一个成因。为了从那些氨基酸里获取能量，细菌进一步将分子分解，进而使其释放出刺鼻的硫化气体。硫化气体有种特有的臭鸡蛋味。人们通常在天然气管道里添加这种气体，以便在管道泄露时找到裂缝。这些细菌大量聚集在口腔中的犄角旮旯，包括牙缝和舌头背面。
口干也会引起口臭。唾液是清除食物残渣和洗去细菌的天然漱口水。当我们睡觉时，人体会减少唾液的分泌。因此每天早晨起来，我们时常觉得口腔气味很难闻。而那些患有长期口干，或者说口干燥症的人早起后的口腔异味会更加严重。某些药物也会导致口臭。抗抑郁剂、止痛药和抗组胺剂的副作用通常都包括口干。
尽管85%的口臭是由口腔细菌引起。但口臭也可能是身体某处不适的表现[来源：Merck]。当您患上鼻窦炎或重感冒时，口腔将大量分泌唾液。这些唾液会沿着喉咙后部流到舌头上，从而引发口腔异味。肠胃疾病、肾病和肺部感染也会造成口腔异味。饥饿则是另一个诱因：当人体缺少制造能量的糖分时，就会开始分解脂肪，这一过程被称为酮消耗。而当人体消耗脂肪中的酮类时，就会产生一种烂水果的臭味[来源：Mayo Clinic]。