1、高血脂症:黄连素治疗高脂血症降总胆固醇(TC)和三酰甘油(TG)的总有效率分别为77.1%和97.1%，明显优于月见草油和多烯康。
2、冠心病:黄连素能通过抗胆碱酯酶增强乙酰胆碱作用，从而起到扩张血管、降低血压、特别适用于治疗伴有高血脂、糖尿病、心律失常的高血压的病人。
3、.高血压:黄连素治疗高血压黄连素对治疗老年Ⅰ、Ⅱ期轻、中度高血压有效，对Ⅲ期效果不明显。
4、抗血小板聚集:小壁碱具有抑制血小板膜受体的作用，使腺苷酸环化酶活力增强，环腺苷酸(CAMP) 浓度增高，从而抑制血小板聚集，因而能解除血液的高凝状态和降低血液的黏滞度，有利于血液正常循环，减少血栓形成。有不少老年人常因血栓形成而导致瘫痪，甚至危及生命。其主要原因为血小板聚集率较高之故。
5、抗心律失常:研究表明，小檗碱能显着抑制延迟激活的钾离子流，从而使心肌细胞的动作电位时间(APD) 和有效不应期( ERP) 延长。APD 延长又可使Ca2 + 内流增加，延长平台期 ;抑制K+ 外流，使得慢反应细胞自动除极速率减慢。并能增加乙酰胆碱作用和抗肾上腺素作用，对多种原因引起的室性和室上性心律失常均有较好的疗效。
6、充血性心力衰竭:小檗碱可促进心肌细胞Ca2 + 跨膜内流和细胞内Ca2 + 的利用;抑制羟自由基的产生，减少脂质过氧化物对细胞的损伤;改变心肌收缩速率和收缩持续时间以及轻度的全身血管舒张作用，从而发挥抗心衰作用。
7、治疗慢性胆囊炎:小檗碱有利胆作用，对慢性胆囊炎病人，口服有良好效果。
8、肠易激综合症:肠易激综合症的主要症状是腹痛、腹胀、粘液便及大便习惯改变，特别是对缓解腹泻和粘液便等症状的效果更佳，北京天坛医院消化科的专家研究后推荐黄连素作为治疗肠易激综合症的一线药物。
9、胃、十二指肠球部溃疡:黄连素对胃溃疡有促进愈合的作用它的作用机制可能与黄连素抑制胃酸作用有关。目前有黄连素治疗消化性溃疡与杀灭幽门螺杆菌(Hp)关系的报。黄连素与谷维素，黄连素与雷尼替丁，黄连素与硫糖铝等合用治疗消化性溃疡的疗效优于单方的治疗效果的报道。表明黄连素与其它药物联合应用，对于杀灭幽门螺杆菌具有协同作用，可以减少溃疡的复发。.可治疗消化性溃疡:黄连素可以杀灭消化道中的幽门螺杆菌，对胃、十二指肠溃疡有较好的疗效。
10、Ⅱ型糖尿病:经动物实验和临床实践证明，黄连素不仅具有抗升糖激素的作用，还能促进胰岛B细胞的再生及功能的恢复，可用于治疗Ⅱ型糖尿病、缓解多饮、多尿、多食、体重减少的糖尿病典型症状。可治疗糖尿病:对2型糖尿病有较好的疗效。
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