不合理化疗主要包括未坚持规律(间断及中断)化疗及未完成规定疗程(提前终止治疗)，此外也包含化疗方案不合理。 据长期的科研与大数量病人治疗结果分析，合理化疗可治愈约95%以上的病人，治疗失败(指继续排菌)仅为3%左右。而不合理治疗只有约45%的病人治愈，50%左右治疗失败及少数病情严重病人可导致死亡。
从以上结果可以看出，不合理化疗的治疗失败率高，复发率也高，同时极容易使细菌对抗结核药物产生耐药性，再度治疗效果很差，成为久治不愈的慢性传染源，一些病人还可能传播耐药菌，给社会带来一定的危害，因此不合理化疗的危害是十分严重的。
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