肺炎链球菌作为CAP最重要的致病原之一，其耐药问题备受国内外学者关注。自1967年首次报告了青霉素耐药肺炎链球菌(PRSP)以来，各国相继发现了PRSP，且肺炎链球菌对青霉素耐药率的增加已成为全球趋势。PRSP的发生率在不同国家甚至在同一国家的不同地区都有显着差异。
美国20世纪80年代肺炎链球菌的总青霉素耐药率不足5%，而且均为低水平耐药，然而至90年代初，青霉素总耐药率迅速攀升到17%，目前已经超过30%。1997年至2000年，我国文献报告的肺炎链球菌青霉素不敏感(PNSP)[包括青霉素中介(PISP)和PRSP]率仅为8.8%~22.5%，但最近的调查结果显示，PNSP已超过40%，呈快速上升的趋势，并主要以PISP增加为主，从1998-1999年的20%上升为2002-2003年的32.4%。
年1月至2004年12月，对青岛地区医院分离的107株肺炎链球菌耐药性分析发现，其中44株(41.1%)对青霉素不敏感(22株中介，22株耐药)。杭州地区医院对分离的331株肺炎链球菌耐药性进行分析结果显示，PNSP占55%，其中55株(16.6%)为PRSP，127株(38.4%)为PISP。2005中国CHINET细菌耐药性监测结果显示，84株肺炎链球菌中青霉素不敏感株约占61%。PRSP的发生率除与地域有关外，还与年龄有关。
年我国9家教学医院分离的417株肺炎链球菌的耐药性分析显示，PNSP发生率为47.5%(PRSP:24.5%，PISP:23%)。PRSP、PISP发生率最高的是上海(分别为32.6%、50%)，其次是武汉(45.7%、22.9%)(图1)。其中儿童患者的PNSP发生率(69.4%)明显高于成人(35.5%)。因此在今后的耐药监测中，应当细致分析各地区、各年龄段以及各感染类型中肺炎链球菌耐药性的差异，这将为我国制定指南、原则以及合理选药提供更有价值的信息。
按青霉素敏感性进行分组发现:β-内酰胺类的交叉耐药很明显。PRSP对头孢克洛和头孢丙烯的耐药率分别高达97.1%和94.2%，对头孢曲松也达到了23.6%;PISP对头孢克洛、头孢丙烯的耐药率同样很高，分别为88.6%和75%;阿奇霉素在各组中耐药率均很高;而莫西沙星在各组中均很敏感。
我国肺炎链球菌对大环内酯类抗生素的耐药率也明显高于欧美国家。据中国细菌耐药监测研究组的调查结果(2003年)，肺炎链球菌对红霉素的耐药率超过70%，而2005年的调查结果显示，肺炎链球菌对红霉素的耐药率已升至83.7%，因此在怀疑肺炎链球菌为CAP致病菌时，不宜单独应用大环内酯类。
体外药敏试验结果显示，新喹诺酮类如莫西沙星对肺炎链球菌一直保持良好的抗菌活性。最新研究表明，左氧氟沙星、莫西沙星对肺炎链球菌的敏感性分别为91.2%、96.2%，且和对青霉素耐药与否无关。新喹诺酮类(如莫西沙星)已作为我国CAP治疗指南中初始经验治疗的推荐药物。
年到2003年的数据显示，我国流感嗜血杆菌产β-内酰胺酶的发生率低于10%，而最新数据显示，该发生率增至19.2%，与2003相比(9.5%)具显着差异(P<0.005)。与肺炎链球菌相反，流感嗜血杆菌成人组的产酶率高于儿童，可能由于这种菌是慢性支气管炎急性发作(AECB)最常见的细菌，而AECB是成年人的常见病。
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