番茄脐腐病一般发生在果实长至核桃大时。最初表现为脐部出现水浸状病斑，后逐渐扩大，致使果实顶部凹陷、变褐。病斑通常直径1至2厘米，严重时扩展到小半个果实。在干燥时病部为革质，遇到潮湿条件，表面生出各种霉层，常为白色、粉红色及黑色。这些霉层均为腐生真菌，而不是该病的病原。发病的果实多发生在第1、2穗果实上，这些果实往往长不大，发硬，提早变红。此病由水分供应失调、缺钙、缺硼等原因而引起的生理性病害。偏施氮肥、土壤有机质少、土壤干燥、土壤含盐量高的田块发病重。
防治措施:1、浇足定植水，保证花期及结果初期有足够的水分供应。在果实膨大后，应注意适当给水。
2、育苗或定植时要将长势相同的放在一起，以防个别植株过大而缺水，引起脐腐病。
3、选用抗病品种。番茄果皮光滑、果实较尖的品种较抗病，在易发生脐腐病的地区可选用。
4、地膜覆盖可保持土壤水分相对稳定，能减少土壤中钙质养分淋失。
5、使用遮阳网覆盖，减少植株水分过分的蒸腾，也对防治此病有利。
6、采用根外追施钙肥技术。番茄结果后1个月内，是吸收钙的关键时期。可喷洒1%的过磷酸钙，或0.5%氯化钙加每千克5毫克萘乙酸、0.1%硝酸钙及爱多收6000倍液，或绿芬威3号1000至1500倍液。从初花期开始，隔10至15天1次，连续喷洒2至3次。使用氯化钙及硝酸钙时，不可与含硫的农药及磷酸盐(如磷酸二氢钾)混用，以免产生沉淀。
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