育苗是设施甜瓜栽培的关键环节，育苗的好坏直接关系到以后的生长。
配制营养土:用大田土、充分腐熟的有机肥、少量化肥及杀菌剂配成营养土。大田土以上茬没有种过蔬菜、棉花，特别是没有用过除草剂的为好。大田土占60%~70%，然后过筛。有机肥占30%~40%，必须充分腐熟后才能使用，忌用生粪。在配制前也要过筛。为提高营养土的肥力，应按每立方米营养土2 公斤的量掺入三元复合肥，每立方米营养土中还应掺入多菌灵或其他杀虫、杀菌剂进行土壤消毒、杀虫。
装钵:向营养钵内装营养土，注意不要装满，要距营养钵沿2~3厘米，以便将来浇水时能存储一定水分。装钵后，将营养钵整齐地摆放在苗床内。
种子处理:将种子倒入55℃的水中，并不停搅拌，保持这一温度10分钟，33℃时方可浸种，浸种6小时左右开始催芽，用手巾裹好。把出芽的拣出来，未出芽的继续生芽，大部分出齐后第二天可播种。催芽时注意天气变化，要求3~5天好天气，连续阴天不要下种
播种:为保证育苗期间充足的水分，减少幼苗生长期间的浇水量，在播种前要浇足水。注意地温，必须达到15℃以上时才能播种。
为防治猝倒病、立枯病等苗期病害，播种前于畦面喷洒恶霉灵可湿性粉剂3000倍液，每10平方米喷洒1公斤左右，喷药后随即播种。
每个营养钵中放一粒种子，种子芽朝下或平放，然后种子上均匀铺2厘米厚潮湿的土。苗床上搭建塑料拱棚，苗床上覆盖地膜，使播后苗畦土壤温度达到25℃~30℃。出苗期间白天温度不超过35℃不通风，土壤温度保持在25℃~32℃，夜间保持在17℃~22℃，凌晨最低不低于12℃。温度达不到时可用地热线增加温度。较高的温度能促进早出苗，出齐苗。
在第一片真叶展开前，要通风使温度不超过28℃，防止形成高脚苗。定植前一周要使苗多见光，以培育壮苗并促进花芽分化。从定植前5~7天开始，要撤去苗床小拱棚，并增大通风量，延长通风时间，进行低温炼苗。并注意此时不浇水，以便栽后缓苗快。
定植时幼苗应有4~5片真叶，叶片平展，淡绿，侧根较多，株高15厘米左右，全株无病虫害。
