三文鱼的肌肉无肌间小骨(刺)，富含蛋白质和脂肪，烹调可煎、炒、煮、浸淹、烘、烧烤、烟熏或生吃。其中最广为接受的是日式生鱼片(刺身)。所谓“刺身”是日语外来词。以前，日本北海道渔民在供应生鱼片时，由于去皮后的鱼片不易辨认其种类，故经常取一些鱼皮，用竹签刺在鱼片上，以便于识别。这刺在鱼片上的竹签和鱼皮，当初被称作“刺身”，后来虽然不使用这种方法了，但“刺身”这个名称却保留至今，不过已变成了泛指各类生鱼片，或泛指各种动物肌肉的生吃方法。三文鱼在热加工中，因肌肉蛋白质的链短，肌肉烹调时间过长会将其中的部分短链蛋白质析出，导致肌肉紧缩无味，因此热加工三文鱼应注意:时间不可过长-过长蛋白质老化;不投放会掩盖原味的佐料，如大料、花椒和酱油等;不宜红烧，炖煮时要多加汤，水漫过鱼身。
对女性:世界上最长寿的男人在冰岛，最长寿的女人在日本，冰岛和日本的饮食少不了三文鱼。科学家发现，鱼类尤其是深海鱼类如三文鱼，可以除皱养颜，降低血压，保护心脏、关节和胰腺，稳定血糖和情绪，增加智商，延年益寿。经常吃三文鱼，可以起到减少皱纹的作用，但前提条件是需要戒糖，控制精制淀粉，补充维生素和矿物质，即遵循“无糖低碳，营养补充”的营养食疗法，以避免胶原蛋白被糖化而产生皱纹。
对儿童:在所有鱼类中，三文鱼所含的Ω-3不饱和脂肪酸最多(每100克三文鱼约含27克)，营养学研究证明，Ω-3不饱和脂肪酸对胎儿和儿童的生长发育有促进作用。鱼肝油中还富含维生素D等，能促进机体对钙的吸收利用，有助于生长发育，特别是对应试学生更加有益。
对老人:三文鱼中含有丰富的不饱和脂肪酸，能有效降低血脂和血胆固醇，防治心血管疾病。所含的Ω-3脂肪酸更是脑部、视网膜及神经系统所必不可少的物质，有增强脑功能、防治老年痴呆和预防视力减退的功效，能有效地降低高血压和心脏病的发病率，还对关节炎、乳腺癌等慢性病有益处。在鱼肝油中该物质的含量更高。三文鱼能有效地预防诸如糖尿病等慢性疾病的发生、发展，具有很高的营养价值，享有“水中珍品”的美誉，对心血管疾病患者和脑力劳动者特别有益。
美国最近一项研究建议，在食用三文鱼前应该知道三文鱼的来源地，因为来自不同地区的人工养殖三文鱼，污染程度亦不同。而在污染严重地区人工养殖的三文鱼，会增加食用者患癌的机会。据了解，该项研究报告于近日的美国《营养期刊》中刊出，研究指野生三文鱼体内所含的毒素低于人工养殖三文鱼，人工养殖三文鱼以鱼油来饲养，以鱼油饲养三文鱼会增加其体内的毒素。而鱼油通常由本地鱼炼成，因而鱼油的污染程度亦因应不同地区而不同。其中在南美洲养殖的三文鱼体内含最少污染物，其次是北美洲的人工养殖三文鱼，而来自欧洲的人工养殖三文鱼体内所含的污染物最多。但这并不表示三文鱼不能吃，专家称三文鱼含有大量的ω-3不饱和脂肪酸，能降低胆固醇及三酸甘油酯，可预防动脉硬化，在清楚三文鱼来源地的情况下不必担心。