1 晚期血吸虫病腹水:用本品内服，每次9克，每日3次以治本，并配以肌注汞撒利治标， 观察治疗22例经中西药治疗无效的疑难顽固性血吸虫病腹水病例，结果全部病例腹水均消除
2 顽固性遗尿:本症的主要病机是肾气不足，而金匮肾气丸能温补肾阳，故在临床上凡有小儿遗尿属虚证者，可用本品治疗。用法是每服1丸，每日2次。曾观察治疗1例经多种方法治疗无效、患病达5年之久的顽固性遗尿症。服药80丸，5年痼疾痊愈，至今2年未见复发。
3 强的松引起的并发症:强的松临床常用的激素类药，有较好的抗炎作用，但长期应用能产生些不良的并发症。用本品治疗因强的松引起的精神异常、眩晕、肥胖及多汗等并发症获得一定疗效。用法是取金匮肾气丸内服，每次9克，每日2次，亦可用本品原方水煎服 。
4 过敏性鼻炎:用本品内服，每服9克，每日2次， 并服气管炎咳嗽痰喘丸每日2次，每次30粒。
5 不育症:日本有人对52例男性精子缺乏症患者投以本品内服，连服3月， 其中女方妊娠11例，占21.2%。还有人把121例确诊为特发性造精功能低下的男性不育症者随机分为中药组和西药组，中药组一律用本品内服，3个月为一疗程。结果中药组造精功能显著改善以女方妊娠者占34.6%。疗效明显优于西药组。
6 白内障:据研究金匮肾气丸能使眼晶状GSH和GSSG升高， 故有预防白内障作用。据临床统计老年性白内障服用本品有60%的患者视力得到提高，20%的患者能保持原来的视力不变。
7 骨痨(骨结核):用本品内服，每次9克，口服2次或用本品原方水煎服治疗骨痨能取得较好疗效，其中一例患病3年，经抗痨、镇痛、封闭及中药治疗半年多未见好转的骨结核病人，服药40天诸症减轻，服药3个月诸症悉除，能自理生活，χ线复查原病灶修复有骨桥形成，未见新的骨质破坏，随访多年未复发。
8 急慢性荨麻疹:用本品内服，并用自制风疹酒(面碱15克、冰片5克、白酒50毫升)外用治疗荨麻疹10例，其中慢性4例，急性6例，结果均获痊愈。此外，金匮肾气丸还被用于治疗胃癌、席汉氏综合征、老慢支气管炎、口咸症、足跟痛等均取得较好的效果。
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