婴幼儿体质柔弱，正处在生长发育时期，因此腹泻对婴幼儿的危害很大。
腹泻除影响婴幼儿对食物中营养物质的吸收外，还消耗体内储存的营养物质，损害某些机体组织。这是因为在腹泻过程中，本来应该消化吸收的营养物质不能进入机体，但机体内各器官还需照常进行各项生理功能。如长期慢性腹泻就会造成营养不良，使患儿身体瘦弱，抵抗力降低，容易感染各种疾病。这不仅影响婴幼儿的正常生长发育，还会引起并发症。常见的并发症有:
(1) 营养不良及维生素缺乏症:
腹泻病程较长，如禁食时间过久或长期热量不足，常可引起营养不良和各种维生素缺乏症。消化不良与营养不良可互为因果，往往造成恶性循环，导致不良后果。维生素A缺乏可引起干眼症及角膜软化症;维生素D缺乏可引起手足抽搐症。
(2)感染:
常见有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支气管炎、肺炎、疖肿、败血症、泌尿道感染及静脉炎等。各种感染可能成为腹泻的病因，但也有在腹泻之后，由于全身抵抗力降低而继发感染。迁延性腹泻或原有营养不良病儿，容易并发真菌感染，如鹅口疮、真菌性肠炎，甚至引起全身性真菌病。
(3)中毒性肝炎:
重型腹泻可能出现黄疸，常见于营养不良及重症败血症病儿，预后不良，故中毒性肝炎是腹泻的严重并发症之一。
(4)其他:
如急性肾功能衰竭、弥漫性血管内凝血、感染性休克、中毒性脑病等，如处理不当还可发生急性心力衰竭、高血钾、中毒性肠麻痹、肠出血、肠套叠等，偶可见肠穿孔和腹膜炎。
婴幼儿腹泻的预后与病儿的体质、病因、治疗时机和治疗方法有关。
(1)体质因素:
体质衰弱(重症营养不良和佝偻病)的病儿，由于机体代谢调节功能较差，抵抗力低下，容易发生各种并发症，使腹泻迁延不愈，预后较差。新生儿、早产儿病情易于迅速恶化，预后也较差。
(2)病因:
耐药性致病性大肠杆菌或其他耐药细菌感染预后较差，继发二重感染者如真菌、金黄色葡萄球菌感染等预后也差。
(3)治疗时机:
轻型腹泻若未及时治疗，导致病情严重，迁延日久，预后较差。
(4)治疗不当:
未进行调整和适当限制饮食，减少胃肠道负担;未及时控制肠道内外感染以及纠正水与电解质紊乱和加强护理，导致各种并发症发生，影响预后。此外，滥用广谱抗生素，引起菌群失调和二重感染，可加重消化功能紊乱，如不及时停药，迁延不愈者预后差。