被闹钟叫醒还会引起身体保护性的条件反射，提高体内肾上腺素水平。这种状态如果持续数天、数周、数月，将导致高血压，所以最好可以睡到自然醒。
医学研究证实，人类睡眠有其固有的机制，而自然醒是符合人体生物钟规律的。光线是自然醒的必要条件，是人体内的生物闹钟。
清晨，人体感受到逐渐变强的太阳光线，褪黑素分泌就会减少，血清素分泌增加，新陈代谢加快，人逐渐从熟睡过渡到浅睡，直到醒来。这就是阴雨天人们往往喜欢赖床的原因。
被闹钟叫醒相当于醉酒
快节奏的现代生活，使很多上班的人无法享受闲适的睡眠与自然的苏醒，闹钟成了无奈的选择。但实验研究表明，自然醒来与被闹钟叫醒所产生的生理和心理效应是很不同的。从睡眠状态过渡到清醒状态时，人的呼吸会从16次/分钟提高到24次/分钟，心跳加快10次/分钟，脑电波从8次/秒提高到30次/秒。如果突然被闹钟叫醒，将使人产生心慌、情绪低落、感觉没睡醒和悬空等不适。如果是从深度睡眠中被突然叫醒，那么，人的短期记忆能力、认知能力，甚至是计算技能都会受到显著影响，这些能力最多为正常状态的65%，与醉酒者相当。
